Als der Entdecker von Madeira, João Gonçalves Zarco, am 3. Juli 1419 oder 1420 durch ein "Tal des schönen Haines" ging, fand er alte Zedern bei Wetter gefallen, mit denen er ein Kreuz gemacht hatte, und taufte den Ort als Heilige Kreuz / Santa Cruz.
Am 8. Mai 1440 erhielt Tristan "von der Insel" die Captaincy of Machico. Darin wird der Infante D. Henrique, Alderman des Ordens Christi genannt, der "Tristão, Ritter meines Hauses" meiner Insel Madeira aus dem Land von außerhalb der Ribeira do Caniço zehn Schritte führt, während er durch die Ribeira darüber geht überquere den Berg bis zur Spitze von Tristan". Daher reichte die Captaincy von Ponta da Oliveira (in Caniço) bis Ponta de S. Lourenço und von dort bis Ponta do Tristão (in Porto Moniz), das später mit Ponta da Oliveira verbunden war und die Insel diagonal teilte. Wie unter dieser Einteilung zu verstehen ist, gehörte Santa Cruz somit zur alten Captaincy of Machico.
Zu Beginn des 16. Jahrhunderts beaufsichtigte Santa Cruz bereits mit der Stadt Machico, von der es verwaltungstechnisch abhängig war, mehr Bevölkerung und Handel besaß und sogar einen Zoll für den Versand des gewinnbringenden "Deals des Zuckers" hatte. In diesem Gewerbe hatte Urbano Lomelino, der sich in Porto do Seixo niederließ, ein Haus und eine Mühle, und gründete später durch fromme testamentarische Verfügung das Kloster Unserer Lieben Frau von Santa Cruz oder Nuno Fernandes Cardoso, der in Gaula gegründet wurde und verfügte über das Herrenhaus und die Kapelle des Hl. Johannes Lateran (Capela de S. João Latrão) sowie die Familie Salvago mit den Schwestern Isabel und Leonor Álvares, die die Kapelle der Muttergottes in Caniço errichten werden.
Aufgrund des Missmanagements von Machico durch Captain-Donate Tristan Vaz und des Wachstums von Santa Cruz werden die mächtigen Freitas von Santa Cruz den Monarchen dazu drängen, dem Ort eine Charta zu gewähren, die tatsächlich am 26. Juni 1515 enden wird mit der Gründung des Dorfes und am 15. Dezember desselben Jahres die Erteilung der entsprechenden Urkunde.
Das Gebiet dieses neuen Bezirks wurde von Machico von Porto do Seixo bis zum Ende von Caniço zerstückelt.
Hinter diesem Zusammenbruch steht der einflussreiche João de Freitas, der 1511 aus Nordafrika zurückkehrte, wo er tapfer gegen die Mauren kämpfte, ein Knappe und ein Mann des Vertrauens von König Manuel I. war und deshalb die Schatzkammer der Gegend von Santa Cruz erhält. Er wird den Monarchen überreden, der besagten Ortschaft den Status einer Gemeinde zu verleihen, und es ist sogar in seinen eigenen Häusern, wo der erste Stadtrat versammelt ist.
Wenn die neue Kammer im ersten Jahr in den Häusern des "Schutzpatron" arbeitete, funktionierte sie im folgenden Jahr bereits in einem eigenen Haus mit einem gotischen Portal mit einem zerbrochenen Bogen und Zwillingsfenstern, einem Gebäude, das bis in unsere Tage hinein funktioniert das Gebäude.
Die neue Mutterkirche von Santa Cruz mit drei Schiffen, ähnlich der Kathedrale von Funchal, ist praktisch die zweite Kirche der Insel, die von João de Freitas erbaut wurde und die kleine und heruntergekommene alte Kapelle von Bom Jesus ersetzt, die als Pfarrkirche diente, von der heute nur noch der Ortsname erhalten bleibt. 1533 war es soweit, als João de Freitas in der Hauptkapelle beerdigt werden durfte. Sein Grab mit flämischem Geschmack mit Messingklingen am Deckel ist noch heute in der Kapelle der Matrix zu sehen.
Die Gemeinde war im Wesentlichen landwirtschaftlich geprägt, mit ihren Terrassen/Poios gennant, die künstlerisch bewirtschaftet und bewässert wurden, von Serpentinen-Wasserkanälen. Noch heute zeichnete sich die Zwiebelproduktion im Caniço und der Anbau und die Industrie der Flechtweide in Camacha aus.
In der Pfarrei von Caniço entwickelte sich ab den 70er Jahren die Tourismusbranche, die, die schöne Strandpromenade, die Ruhe, das milde Klima und die Nähe von Funchal ausnutzte.